Hiv kan resistent worden tegen de geneesmiddelen die worden gebruikt bij de behandeling van het virus. Dit komt doordat hiv voortdurend verandert (muteert) als het zichzelf vermenigvuldigt. Sommige van deze veranderingen vinden plaats in een deel van het virus waarop de hiv-remmers aangrijpen. Deze middelen zijn daardoor minder of helemaal niet meer werkzaam tegen het virus.
Wereldwijd is bij ongeveer 10% van de hiv-infecties sprake van een virus dat resistent is tegen één of meerdere hiv-remmers. Dit kan de behandelmogelijkheden ernstig beperken. De meeste gegevens over resistentie zijn afkomstig uit westerse landen. Over geneesmiddelresistentie in ontwikkelingslanden is erg weinig bekend.
Het meest belangrijke aspect van de behandeling met hiv-remmers is therapietrouw: iedere dag de juiste dosis op de juiste manier, op de juiste tijd innemen. Slechte therapietrouw heeft tot gevolg dat er in het lichaam onvoldoende hiv-remmers zijn om het virus te bestrijden. Dit betekent dat een resistent virus zich snel kan vermenigvuldigen.
In westerse landen wordt een resistentietest standaard uitgevoerd voordat met behandeling wordt gestart of wanneer de hoeveelheid virus in het bloed plotseling toeneemt. De uitslag van deze test bepaalt mede welke hiv-remmers het beste kunnen worden gebruikt. Vanwege de hoge kosten van deze testen worden ze (nog) niet gebruikt in ontwikkelingslanden. Hier start iedereen met een standaardbehandeling van drie verschillende hiv-remmers.
Resistentie tegen één van de gebruikte hiv-remmers kan betekenen dat ook andere soorten hiv-remmers niet meer werken. Dit wordt kruisresistentie genoemd. Meestal wordt bij falen van de therapie dan ook overgeschakeld op een geheel nieuwe combinatie van hiv-remmers.
Onlangs zijn nieuwe types hiv-remmers op de markt gekomen, de zogenaamde entry-inhibitors en integrase-inhibitors. Omdat deze middelen op een andere manier werken dan de al bestaande middelen spelen ze een belangrijke rol als laatste optie tegen multiresistente virussen. Vanwege de hoge kosten zijn deze middelen echter niet beschikbaar in ontwikkelingslanden.
